除了实体场馆之外，上海自然博物馆有一套以导览和教育为主要功能的网上博物馆应用系统，包括网站、APP和微信三大应用模块。系统通过基于位置感知的漫游式WiFi定位，融合增强现实、交互体验等新媒体技术开发的资源，向公众提供实时智能导览和教育服务。游客还可以在离开博物馆后通过博物馆网站查询游览记录。